A tizenegy éves Malcolm Polstead és daimónja, Asta a szüleivel él az Oxford környéki Pisztráng Fogadóban. A Temze folyó túloldalán – amelyen Malcolm gyakran hajózik imádott kenuján, a La Belle Sauvage-on – áll a Goodstow Apátság, az apácák otthona. Malcolm megtudja, hogy az apátságban féltve őriznek egy leány csecsemőt, Lyra Belaquát, akit többen is el akarnak rabolni. Közben a sűrű esőzések miatt az emberek soha nem tapasztalt árvíz közeledtéről beszélnek...